当时还有一个问题是比较棘手的，那就是运输船队。罗云冲到达了战区地时候，只有五支运输船队战区内活动，其中有两支运输船队负责为古迅雷运送作战物资。另外三支运输船队为韩绍锋提供物资，而这只能够保证科隆到金斯敦的航线上每三天提供一次作战物资，如果航线延长到圣地亚哥的话，那么间隔时间为四天，考虑到登6作战时需要集结一到两支船队，外加需要运送多的物资，三支船队明显不够使用。
罗云冲亲自处理这件事，他先与甘永兴联系，要求为他提供多的运输船队，而到七月下旬之前。将有两支跨洋船队到达巴拿马城，而这两支船队都将被暂时留战区内。另外，罗云冲将原本提供给古迅雷的两支战区内的船队留了下来，这样，就能够集中七支运输船队，大概3万吨轮的运输力量。就算登6作战时。前方保持1艘万吨轮运送6战队上岸之后所需要的第一批紧急作战物资与装备，还有输船可以组成至少四支运输船队，算上港口里装卸的时间，十二天为一个运输周期，一次可以运送至少17吨地作战物资。这么庞大的运输能力，足以保证为6战队提供远过消耗的作战物资了。
除了这几个大问题之外，很多的小问题也必须得快解决，或者是确定解决的办法。当时，战区司令部还没有完全成立，很多参谋人员都没有到位。另外，大部分调入的参谋也都熟悉自己地岗位。罗云冲让每个副总参谋长都负责处理一个大问题，而很多细节方面的事务就交给了参谋去负责处理，这不但能够锻炼参谋的能力，加快战役准备的度，同时通过这样的安排，参谋也迅的适应了的位置，战区司令部也就处理这些棘手事务中逐渐壮大了起来。
同样的，谈仁皓也没有闲着。确定了联合舰队的大致作战任务后。谈仁皓一边为联合舰队司令部安排参谋人员的同时，也将相关地任务安排了下去。与罗云冲不一样。谈仁皓的联合舰队司令部的参谋都是海军军官，而且不存着多兵种作战的问题。重要的是，当时谈仁皓提拔的大部分参谋都是他所熟悉的。比如，有第一特混舰队司令部，或者是第一特混舰队各战斗群调来的，另外，其他几支特混舰队也都派来了参谋军官，充实了联合舰队司令部，这些参谋军官都非常熟悉他们自己的业务，很快就能应付地工作了。
到七月二十四日左右，各项安排6续到位，很多问题都得到了实质性的解决，或者是正解决之中，可是当时仍然有一个极为重要地问题没有得到解决，那就是该选择哪处地点登6，可以说，这也成为了为重要的问题。
韩绍锋认为将登6地点选择西恩富戈斯比较合适，而罗云冲则坚持认为圣地亚哥合适。韩绍锋大概是想避免6战队陷入苦战之中，所以避重就轻，相反，罗云冲则希望快夺取机场，开始对美轰炸，所以要求6战队强攻圣地亚哥。两人就这个问题谈了好几次，都没有达成一致意见，终，不得不召开一次高层会议，专门讨论登6地点的事情！